玻璃絕緣子 的內部結構
長約幾百個核苷酸對，是通常位于啟動子同正調控元件(增強子)或負調控因子(為異染色質)之間的一種調控序列。絕緣子本身對基因的表達既沒有正效應，也沒有負效應，其作用只是不讓其他調控元件對基因的活化效應或失活效應發生作用。
絕緣子的作用是有方向性的，這是在果蠅實驗中發現的。果蠅(D．melanogaster)的黃色基因座y上插入轉座子gypsy后，會造成有些組織中的y基因失活，但有些組織中y基因仍然有活性，其原因在于轉座子gypsy的一端有一個絕緣子序列。當gypsy在》／基因座的不同位置上插入時，對基因的活性有不同的效應。這是因為y基因的活性受4個增強子調控，當絕緣子正好插在啟動子的上游時，就在翅肩(wing blade)和軀體上皮(body cuticle)組織中阻斷基因的活化(來自上游的增強子)，但不阻斷在剛毛(bristles)和跗足(farsal claws)組織中y基因的表達(來自下游的增強子)。
由于有些增強子位于啟動子上游，有些位于下游，所以絕緣子的效應并不取決于絕緣子同啟動子的相對位置。因此，對絕緣子效應的方向性的原因還沒有真正弄清楚。目前已發現有兩個基因座以反式活化方式影響絕緣子的功能。基因S2J(Hw)編碼的核蛋白識別絕緣子，絕緣子同其結合后才有絕緣作用。當該基因突變后，盡管y基因座中插入了絕緣子，但失去了絕緣作用，y在所有組織中都表達。另一個基因座是mod(mdg 4)，該基因發生突變后，其效應正好與Su(Hw)相反，即這些突變型都增強了絕緣作用，使絕緣子的絕緣效應不再有方向性而得到擴展，也就是阻斷了上游和下游兩側的增強子的效應。有一種解釋認為先是Su(Hw)同絕緣子DNA結合后，使絕緣子有絕緣效應。mod(mdg4)同Su(Hw)結合，使絕緣子失去絕緣效應；突變的mod(mdg4)不能同Su(Hw)結合，于是絕緣子又增強了絕緣作用。
